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興津川右岸の河岸段丘上に立地し（標高約60ｍ）、街道筋（身延道）に広がる小島の町並みを一望できます。宝永元年（1704）に松平信治が陣屋を構えたのが小島藩の始まりで、以後明治元年に上総国に移封になるまでの164年間、安倍・有度・庵原の三十カ村を支配する一万石譜代大名として藩政を展開しました。

　中心である御殿の西側から南側にかけて石垣を多用し、三段の郭をもつ小城郭風の縄張りを特徴としています。石垣の高さは２ｍ以下に抑えられていますが大手の一部では４ｍに達するものも見られます。

　明治元年(1868)小島藩転封後、敷地内には小学校が設けられ陣屋にあった建物は一部が校舎として利用されましたが、昭和3年（1928）の小学校の移転に伴いほとんどの建物が取り壊されました。御殿の一部である書院のみが国道沿いの別の場所に移築後地元の公会堂として使用され、令和6年11月に元の場所に移築復原されました。

　藩主が暮らした御殿の書院が現存し、城郭を思わせる石垣が良好に残っているなど江戸時代中期における大名陣屋の在り方と構造を知る上で貴重であるとして、平成１８年７月２８日に国指定史跡に指定されました。